Game lấy bối cảnh tại Liberty City, một thành phố giả tưởng của Grand Theft Auto đã từng xuất hiện nổi bật nhất trong Grand Theft Auto III, vào năm 2000. Thực vậy, thông báo sớm nhất của trò chơi này là nó sẽ là một bản chuyển thể của Grand Theft Auto III, nhưng tại một số điểm trong quá trình phát triển (không rõ chính xác thời điểm này xảy ra) ý tưởng này đã bị từ chối, có thể là do những hạn chế về mặt kỹ thuật và thời gian cần thiết để tái tạo lại nhiệm vụ của phiên bản trước đó trong môi trường mới 2D.

Tựa game này đã được phát hành như là một tác phẩm tiền truyện của Grand Theft Auto III, diễn ra một năm trước các sự kiện trong Grand Theft Auto III. Khi nó diễn ra tại thành phố Liberty City của Grand Theft Auto III, các biến cố quen thuộc xuất hiện lại và cách bố trí đường phố chung là như nhau. Tuy nhiên, tất cả các địa điểm bí mật quen thuộc như Rampages, những gói đồ ẩn và đường dốc đều được thay đổi lại hết, vì vậy người chơi từng quen thuộc với các góc phố và những con hẻm trong Grand Theft Auto III sẽ phải khám phá lại chúng trong phiên bản Grand Theft Auto này.

Ba hòn đảo của thành phố đã có sự thay hình đổi dạng rõ rệt và các yếu tố khó mà giải thích nổi đối với góc nhìn từ trên xuống, vì vậy không còn có bất kỳ bề mặt dốc, và đường hầm và hệ thống đường sắt đều được nhà sản xuất gỡ bỏ để phù hợp với đồ họa của hệ máy này.